Pengajian di MTID terbahagi kepada 5 peringkat iaitu;

Raudhatul Atfal (TASKI)      

Peringkat ini memakan masa 2 tahun yang dimulakan pengajiannya dari umur 5 hingga 6 tahun.

Marhalah Ibtidaiyah (Peringkat Rendah)        

Peringkat ini memakan masa 6 tahun bermula dari umur 7 hingga 12 tahun. Marhalah ini menekankan kepada latihan membaca, menulis, menghafal dan mengira. Al Quran akan menjadi teks utama di dalam latihan-latihan tersebut di samping lain-lain teks tambahan di dalam Bahasa Arab, Bahasa Melayu dan Bahasa Inggeris

Marhalah Thanawiah (Peringkat Menengah)

Peringkat ini memakan masa selama 6 tahun yang disesuaikan dengan umur di antara 13 hingga 18 tahun Pada peringkat ini penumpuan diberikan terhadap menghafal kaedah-kaedah ilmu yang dipelajari menerusi teks-teks tradisi yang sederhana di samping teks-teks moden yang sesuai

Al Qismul A’li (Peringkat Tinggi)    

Pengajian tertumpu kepada soal-soal memahami dan mendalamimasalah bagi setiap ilmu serta latihan-latihan mengkaji dalam bentuk kajian (research), risalah (thesis) dan seumpamanya.

Almaahadul 'Ali Lit Tafaquh Fiddin (TAFAQQUH)    

Pengajian di peringkat Ijazah Dirasat Islamiah. Ia bagi menampung lanjutan pengajian selepas peringkat thanawi/menengah. Ia telah mula beroperasi pada Februari 2006.

Untuk mencapai matlamat di atas, MTID melaksanakan beberapa perkara seperti berikut:

DASAR PENDIDIKAN

Pendidikan di MTID adalah berteraskan kepada pendidikan Islam yang asli dimana mementingkan ciri-ciri seperti berikut:

At Ta’lim  - Penyampaian ilmu berdasarkan kepada ketetapan konsep

At Tadrib   - Mengadakan latihan yang boleh membiasakan diri dengan amalan -amalan yang tepat dengan kehendak  ilmu.

At Ta’dib   - Pembentukan peribadi yang tinggi menerusi tindakan yang berkesan.

Al Irsyad   - Guru-guru yang berpengalaman memberikan tunjuk ajar dan nasihat menurut bidang-bidang tertentu.

Pendidikan di MTID berdasarkan kepada maratibul u’lum (hairaki ilmu) dengan keutamaan diberikan kepada pengajian Fardhu Ain, kemudian diikuti pula pengajaran Fardhu Kifayah dan Ilmu-ilmu Alat yang lain.

STRATEGI PENDIDIKAN

Menempatkan penuntut-penuntut di kawasan yang terpisah dari segala bentuk pengaruh liar yang boleh menggugat akhlak anak didik ketika proses pendidikan berjalan.

Memulakan pendidikan dengan keikhlasan dimana pembentukan matlamat yang murni di tanam sejak kecil atau dalam lain perkataan belajar untuk mencapai keredhaan Allah SWT.

MTID menerusi program pendidikannya bercita-cita untuk mencapai matlamat berikut;

Melahirkan peribadi-peribadi yang sanggup memikul tanggungjawab sebagai ulama dan petugas-petugas dalam berbagai urusan kehidupan keagamaan mengikut peringkat kemampuan masing-masing.

Melahirkan peribadi-peribadi yang mampu menjalankan tugas-tugas harian secaraberdikari sebagai peniaga, usahawan dan pekerja mahir yang berpegang teguh dengan disiplin agama dalam pekerjaan serta bertanggungjawab.